液相色谱质谱法是近年来发展起来用于微囊藻毒素分析的新方法。由于质谱检测器的选择性和高灵敏性可以克服紫外检测器存在的问题，因此在微囊藻毒素定性和定量分析中具有广阔的应用前景。液相色谱质谱法的基本原理是微囊藻毒素在色谱柱上分离，在离子源中离子化后，进行质谱分析，采用保留时间和二级质谱图进行定性分析，采用质谱特征离子作定量分析。液相色谱质谱法可有效弥补液相色谱法的不足，具有以下三个优点：①灵敏度高，水样所需体积少，可明显节省前处理过程中所耗时间；②由于采用微囊藻毒素的特征离子定量，可排除大部分干扰，减少假阳性结果；③液相色谱质谱分析中可得到微囊藻毒素的二级，甚至三级质谱图，可据此进行微囊藻毒素分子结构解析，为鉴定和发现新型微囊藻毒素提供可能。

在液相色谱质谱法分析微囊藻毒素中，可采用的离子化方式有电喷雾离子化技术(ESI)、快原子轰击离子化技术（FAB）等，离子分析技术有四极杆质谱、飞行时间质谱、离子阱质谱等。基于不同的仪器条件，开发了不同的液相色谱质谱法，应用于微囊藻毒素的定性和定量分析。Lisa Spoof等使用LC-ESI-QQQ对93个水样中，发现14个水样的微囊藻毒素等于或大于0.2 ug/L。Bo Yang等成功地使用SPE-LC-ESI-QQQ检测了贝类中的7种微囊藻毒素。Francisca F. del Campo等使用HPLC-QTOF/MS发现了三种新的微囊藻毒素，分别是［D-GLu(OCH3 )6,D-Asp3] MC-LAba, MC-YM和MC-YL，认为MALDI-TOF/MS虽然可以对微囊藻毒素进行快速扫描，而且尤其针对细胞悬浮液等，但是此技术不能检测缺少Arg残基的微囊藻毒素，比如MC-LA, MC-YL, MC-YM或MC-LF。B. Oudra使用快速原子轰击质谱（FAB-MS）在北非水库中发现MC-LR, MC-RR, MC-YR和[D-Asp3]MC-LR. Chris W. Diehnelt使用傅里叶离子回旋共振高分辨质谱（FT ICR）发现了两种新的微囊藻毒素：[Asp3]MC-LA和[Asp3]MC-LL，并且准确研究不含Arg的微囊藻毒素的碰撞诱导解离途径。

在众多液相色谱质谱法中，液相色谱串联四级杆质谱法是比较经典的微囊藻毒素分析方法。常用的液相色谱分析条件是：采用乙睛或甲醇／水作为流动相，其中添加一定浓度甲酸（体积比一般为0.1%）作为微囊藻毒素离子化过程中的质子供体，在C₁₈色谱柱分离。质谱条件：ESI正离子模式，MRM扫描模式，其他具体条件则根据仪器不同而较大区别。

参考的液相色谱串联四级杆质谱法条件如下：

戴安U 3000超高压液相色谱条件：流速0.4 ml/min，进样5u1，柱温40 ℃；流动相：A, 0.1％甲酸的水；B, 0.1％甲酸的乙腈；色谱柱：ACQMITYUPLC BEH C18 (2.1x50 mm,1.7 um)；梯度洗脱条件：0～2 min, 25%～60% B流动相，2～2.5 min, 60%～25% B流动相，2.5～4 min, 25% B流动相。AB API4000质谱条件：气帘气（CMR) 10、雾化器（GS1)60、辅助气（GS2) 75、针电压（IS) 5 000 V、离子源温度（TEM) 650℃、碰撞气（CAD)10、入口电压（EP) 10，离子对、解簇电压（DP),碰撞能量（CE)、碰撞池出口电压（CXP)条件如表8.3所示。

乙腈比甲醇有更强的洗脱能力，且梯度洗脱时柱压更稳定。采用乙腈作为有机相，通过优化梯度洗脱条件，可使5种微囊藻毒素在3.5 min内实现基线分离，见图8.6。在流动相中加入适量甲酸可增强质谱ESI＋检测的灵敏度，实验结果表明，在乙腈和水流动相中添加0.1％甲酸，此时5种微囊藻毒素的质谱响应信号相对较强。

采用流动注射的方式，优化了雾化气、离子喷雾电压、离子源温度等参数，并对于不同微囊藻毒素，优化解簇电压、碰撞能量等参数，得到5种微囊藻毒素的特征离子对等参数，见表8.3。由于微囊藻毒素的分子结构中存在羟基、氨基等极性基团，易生成[M+H]⁺与[M+2H]²⁺母离子。分别比较了由微囊藻毒素母离子[M+H]⁺和[M+2H]²⁺产生的二级碎片离子的信号强度，发现对于MC-RR, MC-YR和MC-LR，其[M+2H]²⁺产生的二级碎片离子信号强度明显高于［M+H]⁺，而对于MC-LW和MC-LF，主要由[M+H]⁺产生二级碎片离子。因此，选择［M+2H]²⁺作为MC-RR, MC-YR和MC-LR的母离子，[M+H]⁺作为MC-LW和MC-LF的母离子，5种微囊藻毒素的MRM谱图见图8.6。