细菌的个体是十分细小的，要用微米为单位进行测量。一般来说，细菌个体有零点几微米到几微米，要借助显微镜才能观察。不同的细菌其大小并不相同，球菌为0.5-2.0μm，杆菌为（2.0-3.0)μmX(0.5-1)μm,螺旋菌为（0.3-2)μmX(1-20)μm。细菌的大小变化多端，甚至报道有更小的细菌，即为纳米细菌或超微细菌。它们的直径范围只有0.5-0.02μm。在细菌发育的过程中，刚分裂的新生细菌小，而随着细菌的发育个体渐渐长大，到老龄细菌则菌体又会变小。