组织固定的目的是保存靶蛋白（抗原），而不经固定的组织，靶蛋白容易发生自溶丢失。一般根据原理可分为两种固定方法，即交联性固定（甲醛和戊二醛）和蛋白沉淀性固定（甲醇和丙酮）。常用的固定剂是4％的多聚甲醛溶液。但有时因醛基的交联使抗原封闭，所以需进行抗原的修复（石蜡切片的必要步骤）。实验动物的灌注，以小鼠脑组织为例：

麻醉

6％水合氯醛按0. 1 ml/l0g体重进行腹腔注射，待小鼠进入麻醉状态，以小鼠对夹持其后爪无反应为标志，固定在实验平台上。

解剖

将小鼠仰卧固定，从腹部开始切口，用镊子小心提住皮肤，暴露腹腔和胸廓，剪开幅肌，从两侧打开胸腔，去掉心包膜，暴露心脏。此过程中注意不要损伤大的血管。

灌注

将注射器针头小心插入左心室，注意不要太深以免穿破心脏（最好不要超过5mm)。先用约50m1的生理盐水（37℃）快速冲洗，冲洗较好的标志为肝脏、四肢及尾部逐渐变白。对于脑部的灌注，应观察其眼睛和嘴唇是否失去血色，必要时可将腹主动脉夹闭以保证脑部的冲洗。冲洗结束后，换用4％多聚甲醛(0℃）进行组织固定。固定过程应缓慢，固定结束后，小鼠的颈部、四肢及尾都僵直。取出所需的组织。

切片前处理

取出的组织再放入4％多聚甲醛中，后固定6-8h后，再放入15%蔗糖中脱水，待其沉底后再放入30％蔗糖中。沉底的组织取出后，用锡纸包裹，放入液氮后迅速取出（约几秒钟），再放入-70℃保存备用。