染色体免疫共沉淀（ChIP)是理解染色体（质）的一种有效、方便的生物学技术，其目的是了解染色体（质）及其相结合的蛋白之间的时空动态和相互作用。无论是研究基因启动区域每个碱基的重要性，还是研究与靶基因相互作用的某个转录因子，染色体免疫共沉淀技术都能使我们了解自然状态下，基因是如何被调控的。

1993年，Orlando V等在《Cell》杂志上发表了名为“MappingPolycomb-repressed domains in the bithorax complex using in vivo formalde-hyde cross-linked chromatin”的文章，他们的研究就使用了染色体免疫共沉淀技术。其实早在1991年，Ghelardini P等就开始了一项确定体内蛋白质与染色质结合位置的研究。研究者们已经解决了在体外怎么确定一种特定的蛋白质是否会与某种特定的DNA序列相结合的问题。但是，在活细胞内DNA与蛋白质的结合情况如何尚无法确定。Orlando和Paro先用甲醛交联蛋白质-DNA复合体（protein-DNA complexes)，用复合体内目标蛋白的抗体将其免疫共沉淀，将免疫共沉淀得到的复合物解交联，沉淀并纯化复合物中的DNA，然后用该DNA作为探针进行South-ern blotting检测潜在的结合位点。但是这种ChIP技术表现得不是很好，Paro的分析认为，沉淀得到的DNA量过于少，以至于在Southern杂交中不足以检测到信号。在1992年，两人讨论在整个操作流程中加入一步PCR扩增，这一改变使得ChIP变得灵敏有效。

ChIP中免疫共沉淀是利用蛋白质抗原和抗体的特异性结合，以及细菌蛋白质的“protein A”特异性地结合到免疫球蛋白的Fe片段的现象，灵活应用而开发出来的一种新方法。目前多用精制的protein A预先结合固化在argarose的胶珠（beads）上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，胶珠上的protein A就能吸附抗原达到精制的目的。在免疫沉淀之前，通过甲醛作用使蛋白质与DNA发生共价连接，所以通过离心即可得到DNA-protein复合物。