免疫共沉淀是一种检测两种以上蛋白相互作用的简单可靠方法。按照上述方法，使用一种蛋白的抗体特异的免疫沉淀目标蛋白，用SDS -PAGE分离免疫沉淀复合物，然后用第二种蛋白或更多种其他蛋白的抗体进行免疫印迹，检测它们是否能被第一种蛋白沉淀下来。当然，免疫沉淀复合物也可用于双向电泳、银染，以及蛋白质谱等分析，来探讨和鉴定与某种已知特定蛋白相互作用的未知蛋白分子。在免疫共沉淀的实验过程中，需要设立严格的对照实验，来检测相互作用蛋白的特异性。下面我们将探讨如何设立对照，以及分析实验中可能出现的问题。

免疫沉淀对照的设立对于抗体的特异性，以及蛋白与蛋白间相互作用特异性的检测是必须的。利用免疫共沉淀实验来探讨蛋白间相互作用时，要排除所得到的相互作用蛋白与胶珠发生非特异结合的情况。当蛋白被不同标签标记时，可用不带此标签的该种蛋白作为对照。如果抗体是针对天然形式的蛋白，可使用缺失此蛋白表达的细胞系作为对照。当然，前提是存在这样的细胞系，而且此蛋白的缺失表达对于细胞的生存没有致命的影响。如果上述策略不适用，最常用的方法是预免疫血清( pre-immune serum）或同一物种来源的与蛋白没有特异结合的抗体（比如正常的免疫球蛋白）预先进行免疫沉淀，用预清除（pre-clear)的办法来降低背景。

以下用本实验室的两张实验结果图，来简单描述免疫共沉淀方法检测两种已知蛋白间的相互作用，以及对于实验结果的分析方法。小鼠海马组织匀浆后，用cPKCγ抗体按照上述实验步骤，进行免疫共沉淀。对于图17.2的实验结果，第一条泳道为不加抗体的阴性对照，

第二条泳道为非特异性对照（用IgG代替特异性抗体），第三条泳道为正常免疫共沉淀组。免疫共沉淀后进行SDS-PAGE，用cPKCγ特异性抗体进行免疫印迹，随后，我们又用ERK抗体在同一张NC膜上，进行第二次免疫印记。