在此方法中，向细胞抽提液中加入抗体，然后使用蛋白A或蛋白G将抗原抗体复合物从溶液中沉淀出来。蛋白A或蛋白G是一种细菌细胞壁蛋白，可与抗体的Fe段紧密结合。这种相互作用对酸碱度敏感，在酸性条件下结合减弱。蛋白A或蛋白G与不同动物的不同抗体亚型的亲合力是不同的。蛋白A或蛋白G琼脂糖可单独使用或联合应用。

免疫沉淀中抗体以及细胞抽提物的用量可根据具体情况，进行必要的改变，它取决于抗体的亲和力以及目标蛋白的丰度（含量或样品内表达量）。大概的用量为含0.25-l mg总蛋白的细胞抽提物，1 - 3 μg抗体。通常来说，1μg抗体近似于0.5-1μL多克隆抗血清、50μL杂交瘤上清培养液或者0. 5 ml包含某一单克隆抗体的腹水。具体的实验步骤如下：

(1) 向冰浴的离心管中加入0.25-lmg细胞抽提物，以及1μg抗体，用不含NaCl的裂解液配平至0. 5 ml。

(2）温和地颠倒混匀离心管数次，冰浴90min（时间可以据情况延长或缩短），此操作可在摇床上进行。

(3) 在冷冻离心机中，以最大转速离心l0min，去除非特异沉淀。

(4) 将上清液转移至一套新的离心管。

(5）加入30μl蛋白A/G-Sepharose悬浊液。加入前要将其混匀。

(6) 4℃温和混匀60-90min，使抗原抗体复合物和蛋白A/G -Sepharose充分混匀。

(7）在4℃冷冻离心机中，以12000 g的转速离心30s，沉淀蛋白A/G-Sepharose。

(8) 用含有100mmoUL NaCl的免疫沉淀缓冲液l ml洗涤沉淀2次后，再用不含NaCl的免疫沉淀缓冲液洗2次。每次洗的时候，温和地颠倒混匀离心管3次。小心地吸走上清液，不要吸到沉淀。洗涤用免疫沉淀缓冲液中不必加入蛋白酶抑制剂。见

(9）在最后一次洗的时候，在避免吸到沉淀的前提下尽量多地吸走液体。免疫沉淀物可直接用于酶活性测定或加入25μl 2×加样缓冲液用于电泳分析。样品可在-80℃冻存，或者直接煮沸变性5 min、离心、吸取上清液，进行SDS-PAGE分析。