(1) 开始电泳时无电流：在上下电泳槽中缓冲液体积不够。确保两个缓冲液储液槽盛有足够的SDS电泳缓冲液，使上下电极与缓冲液相接触。

(2) 第二向电泳分离速度太慢：SDS电泳缓冲液制备不正确或溶解凝胶缓冲液制备不正确；或丙烯fft胺溶液储存时间太久。应重新配制新鲜的溶液。

(3) 染料前沿边缘向上弯曲（微笑样）：凝胶没有正确降温，电流强度或功率过大。在电泳过程中，用恒温循环水浴对凝胶进行冷却降温，在底部储存槽中尽可能多地加入缓冲液。降低电流。

(4）染料前沿向下弯曲（皱眉样）：凝胶在垫片附近聚合不完全，或上部储液槽渗漏。应除去凝胶溶液中的气体或增加过硫酸铵和TEMED量的50%；确保在上部储液槽中有足量的缓冲液。

(5) 第二向分离电流高、速度慢：密封装置的槽未被胶模具或空白插板占满，或由于阴极或阳极缓冲液过量导致两种缓冲液混合。确认12个插槽都被占满；下槽不要超过建议体积（7. 5 L)。电泳单元完全装好后确认阳极液面没有超过密封装置。如果多余的阳极缓冲液在上槽，需要将其排出。确认阴极缓冲液的液面没有超过上槽角落的通气孔。可通过在装胶前向下槽加人澳酚蓝染料来检查上下槽的混合。几滴1%溴酚蓝足够染阴极液。

(6）染料前沿不规则：凝胶聚合不均匀；第二向上表面不平；在放置IPG胶条时破坏了凝胶上表面；凝胶与玻璃板之间存在气泡；凝胶和玻璃板之间存在液体。应该除去凝胶溶液中的气体或增加过硫酸铵和TEMED量的50%；灌胶后立即用纯水来覆盖凝胶表面；在放置IPG胶条时小心不要损坏凝胶；用滚子除去凝胶和玻璃板之间的气泡及多余的液体；确认无可见的气泡，凝胶紧贴着玻璃板，不可移动。

(7）凝胶一侧染料前沿明显向下弯曲：凝胶与垫片之间的缝隙未被填充；预制凝胶模具未正确合住。在封IPG胶条时，应确认密封液也封住凝胶与垫片之间的缝隙；确认模具闭合正确，重新电泳。

(8) 2-D图像扭曲：凝胶与玻璃板之间存在气泡；凝胶与玻璃板之间存在液体；第一向存在干扰性物质。用滚子除去凝胶和玻璃板之间的气泡及多余的液体；确认无可见的气泡，凝胶紧贴着玻璃板，不可移动；样品中的干扰性物质会导致扭曲或IPG胶条局部肿胀，这些变化又会影响第二向。改变样品制备方法限制污染物。

(9) 2-D图像垂直缺失：IPG胶条和第二向凝胶上表面之间存在气泡。确认IPG胶条和第二向凝胶上表面之间没有气泡。

(10）垂直拖尾：平衡液配制不正确；蛋白从IPG胶条向第二向转移不充分；平衡不够。按要求准备平衡液；在转移步骤中采用低功率和低电流；需要延长转移时间；延长平衡时间。

(11) 垂直出现双点或“重点”：IPG胶条放置不正确。确认IPG胶条的塑料支持膜是否紧贴着第二向胶的玻璃板。

(12）高分子量蛋白损失：平衡液准备不正确；蛋白从IPG胶条向第二向转移不充分。根据说明准备平衡液；在转移步骤中采用低功率和低电流；需要延长转移时间。