许多种对SDS-PAGE适用的检测方法都能用来检测第二向凝胶。要求检测方法具有高灵敏度、较宽的定量线性范围、兼容质谱分析、低毒安全，且对环境无不良影响。但是目前没有完全符合上述要求的技术方法。从事双向电泳的实验室，应具备多种检测方法。

放射自显影（autoradiography）和荧光成像是非常灵敏的检测手段（低到200fg蛋白）。为了使用这些方法，样品蛋白必须在体内进行放射性标记，一般使用35S、14C、3 H。对于磷酸化蛋白，在很多情况下也用32P。为了进行自动射线照相检测，凝胶只要简单地干燥，然后在X射线胶片曝光或为了更快得到结果和有更好的动力学范围，在增强磷屏下曝光。荧光成像极其灵敏，它是将凝胶在干燥前，使其充满闪光物质如PPO (2，4-diphenyloxazole)。

银染也是一种非常灵敏的非同位素方法（低于1 ng)。银染方法比较复杂，步骤较多，使用试剂也较多，而且试剂纯度非常重要，最好采用专用的试剂盒。在敏化步骤中不加戊二醛，以及在硝酸银溶液中不加甲醛，虽然灵敏度有所降低，但更能与质谱分析兼容。

考马斯亮蓝染色的灵敏度比银染低50到100倍，但方法简单，且比银染定量准确。需要用密度仪测定蛋白的相对量时，最好使用考马斯亮蓝染色。考马斯亮蓝与蛋白质按化学计量结合，当有关的蛋白质要用密度计来测量时，这种方法比较适合。

锌-咪唑负染法检测极限是15ng，该方法与质谱兼容性很好，但定量不准确。

使用SYPROTM染料的荧光标记和荧光染色的灵敏度介于胶体考马斯亮蓝和改良的银染试剂盒之间。这些技术需要荧光扫描仪，但是方法与质谱兼容很好，定量动力学范围宽。

第二向凝胶能在硝酸纤维素膜或PVDF膜上进行印迹，这些薄膜是用来对特定蛋白进行免疫化学检测或化学微测序的。

带支持膜的凝胶最好在10％甘油中浸泡30分钟后，夹在保护膜中。无支持膜的凝胶在30％甲醇或乙醇、4％甘油的溶液中浸泡直到凝胶缩回原大小。放射自显影的凝胶可用真空干燥器干在硬纸膜上，或夹在玻璃纸之间干燥。