采取的食品样品，为防止其水分或挥发性成分散失以及其他待测成分含量的变化（如光解、高温分解、发酵等），应尽快在短时间内进行分析。如果不能立即分析，必须加以妥善保存。

制备好的样品应放在密封洁净的容器内，置于阴暗处保存。但切忌使用带有橡皮垫的容器。易腐败变质的样品应保存在0一5℃的冰箱里，但保存时间不宜过长，否则样品变质或待测物质分解。有些成分，如胡萝卜素、黄曲霉毒素B1、维生素B1等，容易发生光解。以这些成分为分析项目的样品，必须在避光条件下保存。

特殊情况下，样品中可加入适量不影响分析结果的防腐剂，或将样品冷冻干燥后保存，先将样品冷冻到冰点以下，水分即变成固态冰，然后在高真空下将冰升华，样品即被干燥。冷冻干燥条件可用真空度133.0一400.0Pa,温度-30一-10℃。预冻温度和速度对样品有影响，为此必须将样品的温度迅速降到“共熔点”以下。“共熔点”是指样品真正冻结成固体的温度，又称完全固化温度。对于不同的物质，其“共熔点”不同，例如苹果为-34℃、番茄为-40℃、梨为-33℃。由于样品在低温下干燥，食品化学和物理结构变化极小，因此食品成分的损失较少，可用于肉、鱼、蛋和蔬菜类样品的保存，保存时间可达数月或更长。

此外，食品样品保存环境要清洁干燥，存放的样品要按日期、批号、编号摆放，以便查找。