在这个步骤中要选择适当的溶剂，以便有效地活化SPE柱。对于含水样品而言，好的预处理溶剂应该满足以下几个特点：①能与含水样品基质(样品及缓冲溶液)很好地互溶；②容易扩散到SPE填料的小孔内；③可以洗脱填料上的极性及非极性杂质。

溶剂过少，或者溶剂过柱的流速过快都可能造成萃取柱未能充分活化。流速过快会导致碳链未能充分伸展开，另外，还可能在填料中形成沟渠效应，沟渠效应不利于有效萃取，因为这种效应会降低吸附剂与样品接触的表面积，导致吸附剂容量的明显下降。在样品过柱时，部分样品进人这些沟渠快速通过SPE柱，未能充分地与吸附剂接触，其结果是回收率降低。一般流速在0.5～3．0 mL／min是不会对SPE填料造成沟渠效应的。对于许多SPE柱，特别是以硅胶为基质的SPE柱，预处理好的柱子在添加样品之前应该保持湿润。万一在样品过柱之前SPE柱填料中的溶剂已经流干，最简单的方法就是重新对该SPE柱进行预处理，然后再进行下面的步骤。但是，如果填料已经形成了沟渠，重新预处理步骤并不能解决问题。这时，最好就是放弃已形成沟渠的柱子，因为用这种柱子得到的回收率和重珊陛都不会好。

沟渠效应在薄膜型的SPE柱上表现不明显。因为这种SPE柱的柱床较浅，框架较为刚硬，即便在高流速下也不易产生沟渠效应。薄膜型SPE柱的这种特性使其较为适用于大体积样品的快速过柱。例如，在对环境水的检测中经常需要处理的水样体积为升级的，采用这种萃取材料可以大大地减少样品前处理的时间。薄膜型萃取柱也广泛应用于药物分析，因为可以减少溶剂的用量。

在SPE柱预处理的步骤中，调节萃取环境的pH和离子强度对于目标化合物从样品基质中转移到萃取吸附剂上也十分重要。萃取环境的pH和离子强度调节的不正确，会直接影响目标化合物在吸附剂上的保留。pH对于可离子化的化合物的状态影响很大，如果环境的pH不合适，目标化合物将无法被定量地保留在SPE柱上。通常SPE柱预处理的pH应该与样品的pH相同。