最重要的和通用的样品引入质谱仪的方法是通过色谱仪，色谱仪可以看成为质谱仪的进样系统，相反地也可以把质谱仪看成为色谱仪的检测器。气相色谱一质谱法(gas chromatography—mass spectrometry，GC—MS)经过约50年的发展，已经发展成为常规分析仪器方法。

现代GC—MS法都采用毛细管色谱柱，可以有两种方式实现GC—MS的连接，即直接连接或开管分流连接。

载气流经毛细管气相色谱柱与质谱仪真空所允许的气体压力相匹配。因为从气相色谱柱流出的组分已经处于蒸气状态，因此可以把毛细管柱的流出物直接导入质谱仪的电子轰击离子源中。虽然直接连接是常用的方法，但它有某些不足之处，柱出口是处于高真空的，相对于其它GC检测器，保留时间会发生变化。

除了直接连接外，还有一种方式是开管式分流式连接，色谱柱通过不可调节气阀与离子源相连。补充气流是为补充柱流以适应气阀的流出量，或是为了快速除去过量的载气。因此色谱柱出口处于大气压，与一般的GC检测器一样。通过增大补充气流有可能有效地引出溶剂中的高蒸气负载并把它从质谱仪中除去。