中药的有效成分种类繁多，CE首先应用于生物碱、黄酮苷类成分的分析，继而推广到香豆素类、强心苷、皂苷类、有机酚酸类等非挥发性成分的分析。

1．中药材有效成分的分析

采用cE研究过的中药材有麻黄、黄连、黄柏、黄芩、芍药、大黄、甘草、柴胡、厚朴、当归、马钱子、丹参、吴茱萸、淫羊藿等。

2．中药复方制剂的成分分析

目前控制中药复方制剂质量的方法是测定其中一种或多种主要活性成分的含量，常用的分析手段是HPLC。但采用CE对多种成分的同时测定已有深入研究。在中药指纹图谱研究中，CE也发挥了重要作用。

CE测定复方甘草片中有效成分

以6个来源各10批以上复方甘草片进行指纹图谱研究的结果为例。以20个峰的迁移时间、峰面积、相对迁移时间和相对峰面积分别构成表征样品性质的4个指纹向量，以不同批指纹向量与标准对照指纹向量间的相关系数和夹角余弦为测度评价指纹的相似性。由于中草药成分十分复杂，采用高效液相色谱法时，柱效较低且色谱柱极易受到污染。CE法克服了上述缺点并收到了理想效果。