底质(沉积物)中蓄积了各种各样的污染物，能记录水环境的污染历史，反映底质污染对水体的潜在危险。通过对底质的监测及对底质环境的研究，可以确定污染源位置，判断水体受污染的程度和时间等。
      1．资料收集与调查
      由于水底沉积物不断受到水流的搬迁作用，不同河流、河段的底质类型和性质差异很大。在布设采样断面和采样点之前，要进行相关资料的收集，并开展现场勘查工作：收集与河床母质、河床特征、水文地质以及周围植被等相关的材料，掌握沉积物的类型和性质；收集污染源分布及排污资料、沉积物的类型和性质与污染源及其分布的关系；在水体中随机布点探查底质的构成类型和分布情况；在泥质沉积物水域内设置1～2个采样点，采集柱状样品，通过现场测量和样品分析，了解沉积物垂直分布状况和水域的污染历史；将上述资料绘制水体沉积物分布图，并标出水质采样断面。
      2．监测点的布设
      (1)采样断面的布设
      ①采样断面的布设原则与地表水采样断面基本相同，并应尽可能取得一致。
      ②所设水质控制断面和消减断面处于砂砾、卵石或岩石区时，采样断面可根据所绘沉积物分布图，向下游偏移至泥质区；如果水质对照断面所处的位置是沙砾、卵石或岩石区，采样断面应向上游偏移至泥质区。
      (2)采样点的布设
      ①采样点尽可能与水质采样点位于同一垂线上。如遇障碍物，可适当偏移。
      ②应在不受或少受人类活动影响的清洁河段上布设背景值采样点，采样点尽可能与水质背景值采样点位于同一垂线上。在考虑不同水文期、不同年度和采样点数的情况下，小样本总数应大于等于30，大样本总数应大于等于50，以用于底质背景值的统计估算。
      ③采样点应避开河床冲刷、底质沉积不稳定及水草茂盛、表层底质易受搅动处。
      ④底质柱状样品的采集，在给定的水域中只设2～3个采样点(污染断面、对照断面、消减断面)即可。
      3．采样时间和频次
      由于底质较稳定，受水文、气象条件影响较小，采样频次远低于水质监测，一般每年枯水期采样一次，必要时可在丰水期增加采样一次。采样量通常为1～2 kg。

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