细菌或真菌污染会造成培养液出现沉淀，pH值发生变化。这种情况下，应仔细检查培养物，一旦发现污染，最好立即将培养物进行处理，重新建立培养。
如果是新鲜配制的培养基出现沉淀，可能是装培养液的容器洗涤剂清洗后残留有磷酸盐，使培养基中的成分析出沉淀下来。如果是保存不当，如-20℃冻存了，在解冻过程中又发生了某些成分的析出而沉淀。这些情况下培养液的营养成分有改变，将影响培养的细胞，所以建议更换新鲜的培养液。