1) 样品杯渗漏：可能原因为处理和放置样品杯不正确。样品杯很脆，它不能多次的从加样架上拿下来又安装上去。需检查样品杯是否与IPG胶条对准。检查样品杯底部是否与IPG胶条的表面平行并接触。样品杯渗漏往往在加样前能被检查出来。当将IPG覆盖液倒入到Immobiline相干胶条托盘上时，观察IPG覆盖液是否从样品杯底部渗漏。若此情况发生，需重新安装样品杯，用微量移液器移走渗入的液体，并且继续检查样品杯是否渗漏。另一种检查是否渗漏的方法是，将0.01％的溴酚蓝溶液放入样品杯内，观察是否有染料从样品杯渗出。若有染料渗出，则样品杯必须重新安装来消除渗漏，但在加样前染料必须从样品杯内除去。

2）电流过低：①对IPG凝胶来说很常见，凝胶的电导很低。通常IPG等电聚焦开始时电流接近1mA，随后下降到μA级范围内，这依赖于在电泳仪上IPG胶条的数量；②电源不能检测到μA级低电流并且关闭。检查低电流选项是否打开（参照电源手册），IPG等电聚焦开始时，电流的范围不能被电源检测出来；③在再水化液中没加IPG缓冲液。

3）在开始电泳时没有电流：①电极接触不当或缺少电源连接。应确保所有的Multiphor II位于正确位置，确保电极的金属片与固定干胶条托盘的侧面的金属片接触。注意带有电极的金属板只位于标有红或黑圈的一端。确认在冷却板下的连接电缆是否正确安装；2}IPG胶条没有完全水化；③电泳仪的高电压接头没有正确地插人到电源上。

4）样品染料液没有从样品杯中移出：样品染料从样品杯中移出往往需要好几个小时，如时间过长，可能的原因有①样品杯按下时用力太大，以至于样品杯穿过胶条与塑料支持胶片靠在一起。这能使电流受阻，并且机械地阻碍蛋白质进人胶条。此时应撤换IPG胶条，并且重新安装样品杯；②样品中的离子强度大于胶条内的离子强度。由于这种原因，样品区域的场强不足以使蛋白质按估计的速度从样品区域移走，甚至有时会使移动完全停止。应尽可能的稀释样品或在加样前利用渗析法除去盐离子。

5) IPG胶条产生火花或燃烧：①电流设置过高，不要使每根胶条的电流高于50mA; 0IPG干胶条再水化不充分，确保用足够的再水化液对IPG胶条进行再水化。去除在将胶条放入再水化液后胶条下面产生的较大气泡，并检查整个胶条表面润湿状态；③在等电聚焦过程中，如果IPG胶条变干燥，应加入IPG覆盖液，来防止水化后的IPG胶条失水。