亲和层析是利用多数蛋白质与其他化合物特异而可逆地结合，而使不同蛋白质分开。

在惰性支持介质上共价连接能与蛋白质发生作用的配基，然后装填成层析柱，只有选择性地与固定的配基结合的蛋白质分子才能保留在柱子上，用适当的缓冲液冲洗柱子可以洗下所有未结合的分子；适当改变缓冲液的成分，如加人竞争性的配基，可以使保留的蛋白质解吸附。

亲和层析是现有的纯化蛋白质最有效的高度选择性的方法。

(1) 层析柱的选择选择带有能够与目的蛋白特异结合的配基的层析柱。常用的配基有：受体基团、抗体、凝集素、核酸、染料和金属离子等。常常在实验中采用重组技术，使目的蛋白与亲和标签融合表达，并在二者之间加人酶切位点，从而方便地使用亲和层析柱分离出融合蛋白，再酶切去除亲和标签得到高纯度的目的蛋白：如利用镍离子亲和柱分离带组氨酸标签的重组融合蛋白，得到高纯度的蛋白后，再酶切去除组氨酸标签得到目的蛋白。

(2）纯化步骤

纯化步骤如下

1) 结合缓冲液平衡层析柱，提供能使目的蛋白与亲和配基很好结合的缓冲环境。

2)上样，样品量应控制在层析柱的结合范围内。

3）结合缓冲液冲洗柱子，使样品与配基充分结合并洗脱未结合的蛋白质。

4）洗脱缓冲液冲洗柱子（1.5-2个柱体积），使样品与配基解离而洗脱下来。