农业面源污染防治需要机制体制创新。首先要大力培育新型农业生产经营主体，包括各类合作社和专业合作组织，提高规模化、集约化、产业化经营水平，促进农业资源环境保护的技术措施更有效的运用。同时，充分发挥市场作用，大力发展社会化、专业化的服务组织，支持具有资质的经营性服务组织从事农业面源污染防治。

针对现存污染检测存在的问题，未来要健全监测网络体系，完善监测方法和手段，加密污染检测站点。

农业面源污染防控是一项基础性、公益性的工作，政府要发挥主导作用，但同时需要政府、市场、社会以及农民之间形成一个协同共治的格局，防止将污染成本转嫁给农民，要切实保护农民的利益。