检测方法

在CE中，由于使用的毛细管内径为25～100~m，因此信号检测是其突出的问题。尽管CE只需要纳升级的样品量，但它并不是一个痕量的分析技术，仍然需要相对较浓的样品量，以提高检测区带的浓度。目前已进行了一系列检测技术的研究与开发，其中应用较广的是紫外一可见光检测。

二极管阵列检测(DAD)是单波长或多波长检测的替代方法。DAD可以大大简化电泳数据的分析，因此，DAD在CE检测中的应用有更广阔的前景。其它如荧光检测器、质谱检测器、电化学检测器及激光类检测器等也有应用。

激光诱导荧光检测(LIF)是CE最灵敏的检测器之一 ，极大地拓展了CE的应用，不但提高了灵敏度，也可增加选择性，缺点在于被测物须用荧光试剂标记或染色。

近年发展起来的毛细管列阵电泳(capillary arrayeleetrophoresis，CAE)是微列阵技术与CE的结合，可一次同时检测多个甚至大量样品，达到大通量，从而大大节省工作时间，且更易于自动化。

数据处理

与色谱法类似，在CE的大部分分离模式(除ITP外)中，数据处理采用迁移时间或淌度定性，采用峰面积或峰高定量。

重复进样的迁移时间重现性的相对标准偏差RSD与毛细管壁、缓冲溶液的组成、pH、黏度和样品的性质，以及仪器的质量等有关。

峰高定量不像峰面积定量那么常用，主要原因是峰高的线性范围比峰面积差．而且峰高与进样时的堆积效应有关。一般在好的操作条件下，峰面积RSD<2％。影响峰面积的主要因素有温度变化、样品吸附、进样精密度、在低信噪比下的积分等。