选择与确定生态监测指标体系应遵循以下主要原则。

    代表性：指标体系应能反映生态系统的主要特征．表征主要的生态环境问题。

    敏感性：要确定对特定环境敏感的生态因子，并以结构和功能指标为主。

    综合性：要真实反映生态环境问题，需要多种指标体系。

    可行性：指标体系的确定要因地制宜，同时要便于操作，并尽量和生态环境考核指标挂钩；从大量影响生态系统变化的因子中选取易监测、针对性强、能说明问题的指标进行研究。

    可比性：不同监测台站间同种生态类型的监测应按统一的指标体系进行。

    经济性：尽可能以最少费用获得必要的生态环境信息。

    阶段性：根据现有水平和能力，先考虑优先监测指标，已确定的指标体系也可分阶段实施。

    协调性：多数生态环境问题已是全球性问题，所确定的指标体系，尽量和“全球环境监测系统”(GEMS)相协凋，以便国际问的技术交流与合作。

    从功能上讲，生态监测指标体系的确定包括三种基本的指标类型，即一致性指标、诊断性指标和预警性指标。一致性指标主要反映生态环境与管理目标接近的程度；诊断性指标可揭示问题的成因；预警性指标为预见性管理决策提供依据。