生态监测指标体系主要指一系列能敏感清晰地反映生态系统基本特征及生态环境变化趋势的并相互印证的项目．是生态监测的主要内容和基本工作。生态监测指标的选择首先要考虑生态类型及系统的完整性。一般说来，陆地生态站指标体系分为气象、水文、土壤、植物、动物和微生物六个要素(常规监测指标100多个，选测项目几十个，见表；水文生态站指标体系分为：水文、气象、水质、底质、浮游植物、浮游动物、游泳动物、底栖生物和微生物八个要素。除上述自然指标外，指标体系的选择要根据生态站各自的特点、生态系统类型及生态干扰方式，同时兼顾三方面，即人为指标(人文景观、人文因素等)、一般监测指标(常规生态监测指标、重点生态监测指标等)和应急监测指标(包括自然和人为因素造成的突发性生态问题)。

    生态监测指标体系设计的优劣直接关系生态监测本身能否揭示生态环境质量的现状、变化和趋势。因此，其选择要充分考虑生态系统的功能及不同生态类型间相互作用的关系。另一方面，社会、经济发展程度不同的地区，对环境质量和价值的要求和评价也是不一样的。从生态资源的环境价值、评价问题、所受的环境压力及生态系统结构与功能间关系的角度出发，生态监测指标可分为条件指标和环境压力指标，其中条件指标又可分为反映指标、暴露指标和生态指标。应当看到，复杂的生态环境决定了生态监测指标体系的多样性、可变性，生态监测内容涉及面之广，远远超过了环境质量监测和工业污染源监测。正因为如此，至今尚未形成公认的、规范化的生态盛测指标体系。