保护人体健康和生态安全是环境保护的根本宗旨，生物及其多样性是全球生态系统的基础和核心，同时，人与环境间的健康问题首先是人的生物学属性受环境污染影响而产生的健康问题，因此，包括水环境生物监测在内的环境生物监测对环境保护具有非常重要的意义，是环境管理的重要技术支撑。

生物监测是一个广泛使用的词汇，不同的领域、不同的行业有不同的含义和应用，例如，除环境生物监测外，还有劳动卫生人体生物监测、口岸及医学病媒生物监测、林业有害生物监测、灭菌器生物监测等等。即使是环境生物监测，不同的国家、不同的学者也有不同的定义，以下是一些教科书的定义：

定义1：利用生物的组分、个体、种群或群落对环境污染或环境变化所产生的反应，从生物学的角度，为环境质量的监测和评价提供依据，称为生物监测。

定义2：生物监测是系统地利用生物反应来评价环境的变化，将其信息应用于环境质量控制程序中的一门科学。

美国环保署对生物监测(BiologicalMonitoringorBiomonitoring）有如下定义：

定义1：Theuseoflivingorganismstotestthesuitabilityofeffluentsfordischargeintoreceivingwatersandtotestthequalityofsuchwatersdownstreamfromthedischarge.（利用生物测试污水对受纳水体的排放是否可以接受并对排放点下游的水体质量进行生物学质量的测试）

定义2：Useofabiologicalentityasadetectoranditsresponseasameasuretodetermineenvironmentalconditions.Toxicitytestsandambientbiologicalsurveysarecommonbiologicalmonitoringmethods.（生物监测利用生物实体作为探测器，通过其对环境的响应来判定环境的状况，毒性试验及环境生物监视是常用的生物监测方法）

定义3:Analysisofblood,urine,tissues,etc.,tomeasurechemicalexposureinhumans.
（人体中化学品暴露水平的血液、尿液、组织等生物材料的分析测试）

维基百科对水环境生物监测定义如下：

Aquaticbiomonitoringisthescienceofinferringtheecologicalconditionofrivers,lakes,streams,andwetlandsbyexaminingtheorganismsthatlivethere.Whileaquaticbiomonitoringisthemostcommonformofsuchbiomonitoring,anyecosystemcanbestudiedinthismanner.（水环境生物监测是一门通过检测被检环境中生存的生物来判定河流、湖泊、溪流及湿地的生态状况的科学，这里，水环境生物监测是最常见的生物监测形式，任何生态系统都可以这样的方式进行研究）

Biomonitoringtypicallytakestwoapproaches:①Bioassays,wheretestorganismsareexposedtoanenvironmenttoseeifmutationsordeathsoccur.乃picalorganismsusedinbioassaysarefish,waterfleas(Daphnia),andfrogs.②Communityassessments,alsocalledbiosurveys,whereanentirecommunityoforganismsissampled,toseewhattypesoftaxaremain.Inaquaticecosystems，theseassessmentsoftenfocusoninvertebrates，algae，macrophytes(aquaticplants),fish,oramphibians.Rarely,otherlargevertebrates(reptiles,birds,andmammals)areconsideredaswell.（生物监测通常采取两种方法：①生物检测，将受试生物暴露于环境中，观察是否有变化或死亡出现。用于生物检测的典型生物有鱼、搔、蛙等；②群落评价，也称生物监视，对整个生物群落进行采样，观察有哪些生物类群生存其中。在水生态系统中，这些评价常关注于无脊椎动物、藻类、高等水生植物、鱼类及两栖类等，其它大型脊椎动物（爬行动物、鸟类及哺乳类）罕有应用）。

根据我国环境监测系统生物监测的实际情况，从实用的角度对生物监测进行如下定义：生物监测是以生物为对象（例如水体中细菌总数、底栖动物等）或手段（例如用PCR技术测藻毒素、用生物发光技术测二噁英等）进行的环境监测。