1．单光束

光源通过分光器出来的一束光照射到薄层上进行斑点测量。仪器结构最简单，但基线不稳，误差大。Zeiss薄层分光光度计属于此类。

2．双光束

在上述光路中增加一束同样波长的光，分别同时扫描斑点及邻近的空白薄层。测得的是消除薄层空白后的值，增加了仪器的稳定性。可得到较平稳的基线，但不能消除斑点与薄层之间的差别对测定的影响。CS-920薄层扫描仪就是这种仪器。

3.双波长

光源的光分两路，通过两个分光器出来两束不同波长的光。一路用于测量样品，称样品波长λS；另一路作为对照称参比波长λR。这两束光通过斩光器以一定频率交替照射到薄层斑点上，测得结果为在此二波长的吸收度之差△A。这样可以消除斑点处薄层本身的干扰，得到的基线明显改善，如CS-910就是这种单光束双波长的薄层扫描仪。另一种双波长薄层扫描仪是先用参比波长λP对色谱斑点扫描一次，并将结果储人记忆存储器中，然后再用样品波长λS对同一通道色谱斑点扫描一次，最后输出为两次测定值之差，如CS-930，因此这种仪器扫描速度较慢。