厌氧菌稀释和计数的步骤都和需氧菌类似，只有厌氧菌需要使用排除所有空气的密封容器这一点不同。厌氧微生物学研究，下的功夫要比处理需氧菌深，就是说，微生物学家不仅要进行无菌操作，而且不能让细菌接触空气。

厌氧菌只能在置于密封罐内的琼脂平板上生长，罐子里放有化学物质，一旦罐子密封，该物质会除尽氧气。还有一种方案，就是微生物学家也可以用厌氧培养箱，这是个大的塑胶圆形罩，里面充满了惰性气体，没有氧气。培养箱的一侧有直接打在塑胶上的臂孔，这样，微生物学家就能坐在培养箱的外面，把胳膊伸进臂孔里，来对培养箱里的厌氧菌进行稀释和其他操作。有的厌氧培养箱中放有小的培养箱，这样一来，实验中，平板就不需离开厌氧的环境。

我通过以罗伯特·亨盖特（RobertHungate）命名的第三种方法学习厌氧微生物学，他在20世纪五六十年代改进了严格厌氧菌的培养技术。亨盖特发展出来的方法，几乎专门用来研究牛、绵羊和山羊消化道里的厌氧菌。这些细菌需要更严格的无氧环境—它们通常被说成是苛养厌氧菌（fastidiousanaerobe）。因此，亨盖特的方法，是用试管而非平板来培养细菌，平板在密闭环境下不太实用。

亨盖特试管是这样准备的：把熔化的无菌琼脂倒进每个试管，然后在琼脂还是液态的时候，就进行接种。接种期间，微生物学家通过把惰性气体的平缓气流注入试管，把空气从开口的试管排出。他们必须迅速给琼脂接种，然后立即收回充气软管，再用橡皮塞封上试管。苛养厌氧菌需要用特殊橡胶制成的橡皮塞，以免培养期间有空气分子渗入试管。一位优秀的厌氧微生物学操作者，眨眼间就能完成收回软管并塞住试管这合二为一的步骤。然后，微生物学家在水平面上滚动接种试管，直到琼脂在试管内壁凝固，形成均一的一层。培养之后，微生物学家计数琼脂上的CFU。