细胞破碎的方法，包括机械法和化学法。细胞破碎必须在低温下进行，将样本放在冰块上，并且使用预冷的溶液。在细胞破碎过程中，蛋白酶有可能被释放出来，因此，蛋白样品中应加入蛋白酶抑制剂，来防止蛋白质水解。直接将样品在高强度的变性裂解液中进行样品的破碎是可取的。这样能使蛋白水解酶迅速失活，并且也能使其他一些修饰蛋白的反应被抑制。细胞在破碎过程中，通常是在合适的且能溶解某些特定蛋白的溶解液中进行。

(1) 温和裂解法当感兴趣的样品是由易于裂解的细胞组成（培养细胞、血细胞，以及一些微生物）时，可以用温和裂解细胞的方法来破碎样品。当只有一种特定的亚细胞成分（细胞内成分）要分析时，也可以用温和的裂解方法。例如，选择只释放胞质蛋白的反应条件，或通过差速离心的方法得到完整的线粒体或其他细胞器。有时也可以将这些方法混合使用（如酶处理后再渗透裂解，在去污剂存在的条件下冻融）。

渗透裂解法：将细胞悬浮在低渗透液中，可将样品破碎成亚细胞成分；适用于血细胞和组织培养细胞等。

冻融裂解法：利用液氮将细胞一次或反复地迅速冻结后，再融化来裂解；适用于细菌和组织培养细胞。

(2）剧烈裂解法当细胞不太容易破碎时，可以利用这些方法，如硬组织中的细胞、具有坚硬细胞壁的细胞。剧烈的破碎法能彻底地破碎细胞，但是要避免在此过程中产生热量和泡沫。

超声波：通过超声波发生器产生的超声波剪切力将细胞破碎。适用于细胞悬浮液。当达到最大的振幅时，剪切也最完全，但必须注意减少热量的产生和泡沫的形成。短时间冲击细胞悬浮液以避免产生热量，在超声波冲击间隙将样品放在冰上冷却。

高压法：在高压情况下，通过小孔对细胞施加压力而产生的剪切力破碎细胞。适用于带细胞壁的微生物。将细胞悬浮液放入预冷的压力室中，施加压力并收集被挤出的破碎样品。

研磨法：将一些类型的组织细胞放在研钵中，利用研柞手工将它们破碎。适用于固体组织和微生物。细胞用液氮冷冻，并将它们反复研磨成精细的粉末，加入氧化铝（A12 O3）和细沙有助于研磨。

机械匀浆法：许多装置能用来进行组织匀浆。手工操作的匀浆器（如Dounce或Polfer-Elvehjem）能够用来破碎悬浮细胞或较柔软的组织。搅拌器或其他的电动的装置可用来处理大量样品，适用于固体组织。除了在粉碎过程中会有蛋白酶的释放外，样品粉碎迅速且对蛋白质无其他影响。如果需要，可将组织切碎，加入预冷的匀浆缓冲液（组织体积的5-20倍），迅速进行粉碎。利用过滤或离心的方法使裂解物澄清。

滚珠粉碎法：旋转玻璃球产生的摩擦作用能破坏细胞壁，并释放细胞的内含物。该方法适用于细胞悬浮液和微生物。将细胞悬浮在预冷的等体积破碎液中，并转移到一支坚硬的试管内。每克湿细胞中加入1-3克预冷的玻璃珠，旋转液体一分钟后在冰上冷却一分钟，这样重复2-4次。