化肥生产需要大量使用煤炭，例如，生产一吨尿素通常需要消耗一吨煤，煤炭大幅涨价，上涨部分进入化肥价格。生产规模较大的山东联盟化工集团有限公司反映，从6月份开始，晋城煤矿的煤每吨上调15元，焦作煤矿的煤年底前每吨要涨30元，阳泉煤矿的煤每吨运费增加80元，平均下来每吨煤要涨四五十元。而一般的化肥厂从市场上购煤，成本增加得就更多了，大部分企业每吨煤多支出120元左右。一些生产化肥的国有企业表示，国家出于保护农民利益考虑，对化肥实行限价，国企带头执行限价政策，但原料不是国家给的，要从市场上买，现在煤炭价格一涨再涨，企业已难以承受。

其它生产原料价格大幅上涨，也导致化肥生产成本剧增。据了解，今年以来复合肥生产成本大幅增加，其中硫磺去年700元/吨，目前港口硫磺报价已上涨到3600至3700元/吨，且依然是货源紧张，仅此一项，每吨复合肥成本就增加1000元左右；钾肥每吨上涨250元，使复合肥成本又增加一二百元，这样，复合肥原料成本便增长50%左右。

此外，化肥生产的许多外围成本也大幅上涨。从山东联盟化工集团有限公司了解到，化肥生产设备要使用大量不锈钢和其他钢材，去年不锈钢板每吨不到1.8万元，今年已涨至3.2万元，每月维修设备用几万吨，每吨化肥又要增加几十元成本。每年化肥的包装袋需要1800吨，今年每吨加工费增加了400元。再加上电费、运费等都在涨价，不算化肥本身生产材料，仅这些外围成本，每吨化肥便能增加100元左右。