肠道微生物指动物肠道中存在的数量庞大的微生物，这群微生物依靠动物的肠道生活，同时帮助寄主完成多种生理生化功能。肠道不仅是人体消化吸收的重要场所，同时也是最大的免疫器官，在维持正常免疫防御功能中发挥着极其重要的作用。人体肠道为微生物提供了良好的栖息环境，具有人体自身不具备的代谢功能。作为人体最庞大、最复杂的微生态系统，肠道微生物本身及其代谢产物不仅能调节人体健康，更在膳食和宿主之间起到了重要的桥梁作用。正如诺贝尔奖获得者Joshua Lederberg曾指出的，人体与人体共生微生物构成了超级生物体(superorganism)。

美国加州斯坦福大学的Kerwyn Casey Huang和同事研究了植入人类肠道微生物的老鼠的肠道菌群。在5天里，研究小组用常见的抗生素，如链霉素和环丙沙星，对老鼠进行治疗。相关成果近日发表于《细胞—宿主和微生物》。

他们发现，在啮齿类动物开始使用抗生素的半天内，肠道微生物密度下降到10万分之一。某些微生物种类在服用抗生素的第三天开始恢复，但喂食纤维含量较低食物的老鼠，恢复的时间有所延迟。

研究人员还给老鼠注射了链霉素，发现单独饲养的老鼠比群居的老鼠恢复得更慢。链霉素会消灭动物体内的不同菌株，但群居生活的老鼠可能通过吸收“室友”体内的微生物，更快重建肠道微生物群落。

作者认为，西方社会普遍存在的缺乏纤维的饮食和高度清洁的环境可能会阻碍服用抗生素的人体内微生物群的恢复。