二、样品处理

1．核酸的分离和纯化

基因芯片检测中样品核酸的分离和纯化与其他分子生物学方法基本相似。总的原则是：保证核酸一级结构的完整性；排除其他生物大分子，如蛋白质、多糖和脂类分子的污染；排除其他核酸分子的污染，如检测DNA时，应去除RNA分子，反之亦然。具体方法参阅现代分子生物学实验技术。

2．靶基因片段的扩增和标记

在血液或活组织中获取的DNA／mRNA样品在标记成为探针以前必须进行扩增以提高阅读灵敏度。基因芯片检测中靶基因的扩增和标记是同步进行的。所用的扩增方法为PCR技术，在扩增的同时，将带有标记的单核苷酸掺入到扩增产物中，带有标记的靶基因片段与芯片上的探针杂交后便可方便地检出。目前采用最多的是荧光染料标记，它没有同位素标记的使用限制，具有极高的分辨能力和极高的灵敏度。采用多种激发波长的染料进行标记，使结果的判读、比对、重叠及分析更为直观和方便。如果样品量足够，可以避免PCR扩增，直接进行聚合酶合成标记或反转录标记。