LC—MS分析的失败常常是由于样品制备不当导致信号抑制或共存物的干扰。在进行LC—MS分析之前应注意样品中是否存在较高浓度的盐，样品中的其他成分和浓度等问题。样品制备的方法视样品而异，此处只简述一些常用的方法。

(1)超滤

采用超滤膜过滤器，截止分子量从3～1000K的超滤膜过滤器均有商品供应。超滤器根据分子量大小选择性保留或通过溶液中的成分。低分子量化合物存在于滤液中，而高分子量化合物留在滤器上。

这种方法简便、快捷、易于实现自动化。经超滤制备出来的样品通常可进行LC—MS分析。

(2)溶剂提取

将待测成分自水相提取至有机相是常用的方法之一。这个方法的优点是应用范围广；溶剂、pH值、离子对试剂等均可选择，以利提取；可浓集待测成分。缺点是耗时，有时回收率较低。

(3)固相萃取

固相萃取(SPE)利用小柱(如C18)选择性保留待测成分而使干扰物流出；或反之待测成分流出而干扰物被小柱保留，从而达到纯化样品的目的。用SPE可除去杂质和盐，浓集待测成分，有机相或水相变换，小柱上衍生化等，因而应用日益广泛。

可供选用的小柱，非极性固定相有C₁₈、C₈、C₄、Phenyl等；极性固定相有硅胶、CN、氨基等。此外，还可选用离子交换剂做固定相等。