CE是经典电泳技术和现代微柱分离相结合的产物，已成为和气相色谱以及液相色谱相媲美的一种分离技术，并被认为是当代分析科学最具活力的前沿研究课题。

CE的显著特点使其迅速成为一种极为有效的分离技术，广泛应用于分离多种化合物，如氨基酸、糖类、维生素、杀虫剂、有机酸、无机离子、染料、表面活性剂、药物、多肽和蛋白质、神经递质、低聚核苷酸(RNA)和DNA片段等。近年来，CE在手性化合物分离、药物分析、DNA分析和环境分析等领域得到越来越广泛的应用。

目前CE一质谱技术的联用，微型、集成CE以及毛细管阵列电泳的应用，使CE的应用前景更加广阔。

就CE而言，极细的毛细管内径带来了很高的分离效能，但同时也给样品组分的检测带来困难，对检测技术相应提出了较高的要求，如何增加检测器的灵敏度，同时又不造成明显的区带展宽，一直是CE技术发展中的一个至关重要的问题，迄今为止，已有许多检测技术与CE联用，在不同的实际应用领域中发挥作用。

紫外可见光吸收是CE中应用最广泛的一种检测方法。主要缺点是灵敏度不高，这主要是光程太短所造成的。随着科学技术的进步，这一检测方法仍将不断地继续发展。

荧光检测法也是CE中一种常见的“在柱”检测法，灵敏度很高，尤其是激光诱导荧光(1aser induced fluorescence，LIF)的灵敏度可达10-12～10-9mol／L，是目前CE中最灵敏的一种检测方法。对于某些荧光效率高的物质，通过采用光子记数、双光子激发等一些改进的技术甚至可达到单分子检测。此外，UF检测方法还具有较宽的线性范围，因此在微流控分析、芯片CE分析中，LIF检测器是一种应用最早、应用最多的光学检测器。荧光检测器的缺点是仅能用于有天然荧光或易于用荧光试剂标记或染色的物质的检测，而且检测器的价格也较高。但由于LIF的高灵敏度和高选择性，它仍是 CE中不可缺少的检测方式。

激光拉曼检测器是值得人们关注和研究的CE检测器之一，当激光束聚焦到毛细管上，产生的拉曼散射光可直接或由一束围绕毛细管的光纤引导到拉曼光谱仪的光学信号接收器上，检测限可达10^-7～10^-5mol／L。

电化学检测方法可避免光学类检测器遇到的光程太短的问题，对电活性组分的检测具有灵敏度高、线性范围宽、选择性好以及价格低廉等特点。安培检测是电导、电位、安培三种电化学检测模式中最易实现、应用较广的一种检测技术，为微体积环境中电活性物质的测定提供了高灵敏度的检测方法。但是，安培检测要求被检测物质必须具有良好的电化学活性，因而检测范围有一定的局限性。

质谱(MS)法具有较强的定性功能，在一次分析中可获得很多结构信息，1987年Olivares首次报道了CE与质谱的联用技术，有了很大的发展，并已成为商业化仪器。
CE—MS的进展与MS各种接口技术和离子化方式以及其他方面的发展相互关联，电喷雾技术(EsI)起了关键性的作用。此外，离子喷雾(ISP)，大气压化学电离(APCI)等也广泛应用于CE—MS中。CE—MS接口及离子化技术还有基体辅助激光解吸离子化(MALDI)技术等。作为最重要通用型检测技术，随着科学技术的发展和需要,MS将会成为CE的常规检测方法之一。