尽管生物农药克服了传统化学农药污染环境、危害人畜、易产生抗性等缺点，具有选择性强、使用安全、原料简单等优点，但是也存在一些不足。

    ①通常生物农药的防治谱较窄，应用范围相对有限。例如，苏云金杆菌制剂通常仅对某些鳞翅目害虫有效；井冈霉素对水稻纹枯病、小麦纹枯病高效，而对其他许多病害的效果很差，甚至根本无效。

    ②生物农药对靶标生物作用时间长，防治效果缓慢。例如，苏云金杆菌制剂防治小菜蛾，

施药后1d基本上不表现防治效果，往往要3d后才表现出明显的防治效果。因为无毒的晶体蛋白在昆虫肠道内水解成小分子毒性多肽，需要较长时间。而对于病毒杀虫制剂及真菌杀虫制剂，它们的病毒或真菌孢子需要首先侵染寄主，并在寄主体内大量繁殖后，才能使害虫死亡，这常常需要3～5d。生物农药的这种缓效性，在遇到有害生物大量发生、迅速蔓延时往往不能及时控制危害。

    ③产品质量不稳、药效易受环境因素的影响也是生物农药的致命不足。许多生物农药的有效成分为活体微生物，其生物活性下降很快，产品质量不稳定，要使产品制剂化尤其是形成高质量的制剂较为困难。此外，活体生物农药对病虫害的防治效果与环境及气候因素关系密切，因为生态环境中的各种因素都有可能影响生物农药的有效成分发挥作用。例如，真菌杀虫制剂的真菌孢子侵染寄主和在寄主体内大量繁殖都需要一定的环境条件。

    ④使用生物农药可能带来的一些副作用，也引起人们的广泛关注。例如，在西欧的一些发达国家，至今对抗生素和微生物在农业上的使用保持谨慎态度，他们担心残留物进入人体，会给肠道疾病的防治带来困难，同时也担心造成环境微生物群落失衡而引起难以整治的环境污染。有些生物农药对环境生物的危害也很大，例如，鱼藤、烟草碱制成的生物农药对鸟、蜜蜂、蚕的毒性比较高，可能造成生态失衡，不仅会对宝贵的生态资源造成损害，最终对人的危害也在所难免。