微生物在自然界中分布最为广泛，可以说是无处不在、无时不有、数量众多。从地表土壤到几百米的地下、几千米的高山；从空气到河流、湖泊及海洋；从动植物体表到体内，以及各种各样极端生境如高温、高盐、高压、极地和缺氧等生境都存在微生物，从而形成了复杂多样的微生物生态系统。

水是一切生命赖以生存的基本条件，它作为一种良好的溶剂，可以溶解多种无机物和有机物，满足了微生物营养需求，因此，水体是除土壤以外，微生物栖息的第二大天然场所。淡水和海水两类水体中微生物的种类与数量分布存在很大的差异。水中微生物的含量和种类直接影响着水质；同时也能反映水质变化，因而成为水环境监测的重要指标之一。

一、微生物监测的基本知识

微生物（Microorganism）是指个体微小、结构简单，肉眼难以看清、需要借助光学显微镜或电子显微镜才能观察到的一切微小生物的总称。它们大多为单细胞，少数为多细胞，还包括一些没有细胞结构的生物。

分类

微生物的种类很多，主要包括：细菌、放线菌、支原体、立克次氏体、衣原体、蓝细菌、真菌（酵母菌、霉菌及覃菌）、原生动物、病毒、类病毒、阮病毒等。根据不同的进化水平和性状上的显著差异，微生物可分为以下三大类群：

图3.34微生物的分类

(1)非细胞型生物（即分子生物）：病毒、类病毒、朊病毒、拟病毒；

(2）原核生物：细菌、放线菌、蓝细菌（蓝藻、蓝绿藻）、支原体、立克次氏体、衣原体；

(3)真核生物：真菌（丝状真菌—霉菌、酵母菌、大型真菌—覃菌）、单细胞藻类、原生动物。

目前我们在环境监测领域主要开展的微生物监测如：细菌总数、总大肠菌群数和粪大肠菌群数等项目均属于原核生物中细菌的范畴。