2007年国家环保部颁布实行的HJ/T 347-2007水质—粪大肠菌群的测定（滤膜法）将粪大肠菌群的检测列人了常规必检项目。

其做法是先对细菌滤器和滤膜进行灭菌处理，然后将100mL水样（如果水样含菌量多时，可减少取样量，或将水样稀释）注入滤器中，打开滤器阀门抽滤。水样滤完后，再抽气5s，关上滤器阀门，取下滤器，用灭菌镊子夹取滤膜边缘部分，移放在MFC培养基上，滤膜截留细菌面向上，滤膜应与培养基完全紧贴，两者间不得留有气泡，然后将平皿倒置，放人44.5℃的隔水式培养箱中培养（24±2)h，如使用恒温水浴锅，需用塑料平皿，或用防水胶带贴封每个平皿，将培养皿封人塑料袋内，再放44.5℃的水浴中培养（24±2)h。粪大肠菌群在此培养基上菌落为蓝色。非大肠菌群菌落为灰色或奶油色。对可疑菌落转种于EC培养基中，44. 5℃培养（24±2)h，如产气则证实为粪肠菌群。粪大肠菌群计数以证实为大肠菌群菌落数除以过滤水样体积，再乘以100，报告每100mL水中粪大肠菌群数。

此法也可用迅数全自动菌落分析仪进行测定，即将水样按上法过滤培养后，用迅数菌落计数模块的“特定直径大小和颜色范围的菌落”智能识别功能进行典型粪大肠菌群的自动菌落计数。菌落计数的结果可按照相关标准规定换算为样品中粪大肠菌群含量。