根据我国食品卫生标准和国际惯例，食品微生物检验以单位（g或mL）食品中所含微生物数量以及食品是否直接或间接被人与温血动物粪便污染及污染的情况来表示食品的安全程度，因此食品微生物检验最重要的两个检验指标是菌落总数和大肠菌群。

通常，绝大部分食品都需要进行菌落总数和大肠菌群这两个指标检验，因此把菌落总数和大肠菌群的检验称为食品微生物检验的常规检验。其中，菌落总数培养时间是48h，大肠菌群的检测时间也在24-72h。

除上述两项指标外，致病菌的种类很多，并非所有食品所检致病菌都相同，常检的致病菌有沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等。另外还要检测霉菌、酵母菌。食品标准要求致病菌不得检出。

根据产品的类别不同，检测项目也存在差别。例如酸乳一般检测乳酸菌数而不需要检菌落总数，而白酒不需要检测微生物指标。