细菌菌相是指共存于食品中的细菌种类及其相对数量的构成，其中数量较大的细菌为优势菌。

食品腐败时一小部分微生物先在其中优势生长，该小部分微生物群便成为食品腐败的主要原因菌。在食品正常储存过程中导致食品腐败而占优势生长的菌称为优势腐败菌。

食品中优势腐败菌一般有假单胞菌属、黄杆菌属、微球菌属、产碱菌属、乳杆菌属、芽袍杆菌属、梭状芽抱杆菌属、肠球菌属、大肠埃希氏菌属、变形杆菌属以及霉菌和酵母菌等。假单胞菌属具有很强的利用各种碳源的能力，是大多数食品的主要腐败菌。产碱菌属能利用不同的有机酸和氨基酸为碳源，常与高蛋白食品变质有关。棒杆菌在新鲜食物中经常出现，但不新鲜时失去踪影。

冷却肉能够最大限度地保持肉品风味和营养价值，导致肉类腐败的优势腐败菌中猪肉、羊肉和牛肉最常检出的是假单胞菌（Pseudomonasspp.)、气单胞菌（Aeromonasspp.),肠杆菌（Enerobacteriaceaespp.）和热杀索丝菌（Brochothrixthermosphacta)。腐败菌产生的生物胺是冷却猪肉的主要腐败产物，其中又以尸胺变化较为显著。

优势菌的变化取决于以下条件。

①环境因素：环境温度、湿度变化、氧气有无及气体组成、氧化还原电位的变化等。

②食品因素：食品化学成分、水分活度、酸碱度的改变。

③已定居的微生物之间及已定居的微生物与环境之间拮抗、竞争、共生等相互作用。

如在食用肉中，需氧菌的生长导致氧化还原电位的下降，使沙门氏菌、大肠埃希氏菌、变形杆菌等兼性厌氧菌快速生长，10℃以下时李斯特氏菌可能成为优势菌。若以630C30min处理食品后，剩余菌一般为球菌和产芽袍菌。

菌落总数和优势腐败菌在冷藏第5天后显著增长，与第5天前差异显著P<0.05。优势腐败菌中肠杆菌增长最快，热杀索丝菌相对最慢。优势腐败菌是导致冷却猪肉菌落总数快速上升并发生腐败的作用微生物。