底质监测是水环境监测的一部分，作为水环境监测的补充，在水环境监测中占据着特别重要的地位。

①通过底质监测，不仅可以了解水系污染现状，还可以追溯水系的污染历史，研究污染物的沉积规律、污染物归宿及其变化规律。

②根据各水文因素，能研究并预测水质变化趋势及沉积污染物质对水体的潜在危害。

③从底质中可检测出因浓度过低而在水中不易被检测出的污染物质，特别是能检测出因形态、价态及微生物转化而生成的某些新的污染物质，为发现、解释和研究某些特殊的污染现象提供科学依据。

因此，底质监测对于研究水系中各种污染物的沉积转化规律，确定水系的纳污能力，研究水体污染对水生生物特别是底栖生物的影响，制定污染物排放标准及环境预测等均具有重要价值。

（一）底质采样点的设置

底质监测断面的设置原则与水质监测断面相同，其位置尽可能和水质监测断面重合，以便于将沉积物的组成及其物理化学性质与水质监测情况进行比较。

①底质采样点应尽量与水质采样点一致。底质采样点位通常为水质采样点位垂线的正下方。当正下方无法采样时，如水浅时，因船体或采泥器冲击搅动底质，或河床为砂卵石时，应另选采样点重采。采样点不能偏移原设置的断面（点）太远。采样后应对偏移位置做好记录。

②底质采样点应避开河床冲刷、底质沉积不稳定、水草茂盛表层及底质易受搅动之处。

③湖（库）底质采样点一般应设在主要河流及污染源排放口与湖（库）水混合均匀处。

（二）底质采样频率的确定

由于底质比较稳定，受水文、气象条件影响较小，故采样频率远较水样低，一般每年枯水期采样一次，必要时可在丰水期加采一次。