像生物膜和微生物席这样的群落使它们的成员能够比以作为单个细胞的形式独自生存更容易存活。但是各个菌种，都会有部分游离于微生物群落之外的存在形态。当菌群密度过高时，细胞就脱离群落。游动细胞能通过借助鞭毛、纤毛或者蹭行运动(twitchingmovement)使自身避开毒素或向营养素迁移。在生长期内，细胞离开微生物菌群独立谋生，它们常会遭遇对自身最为严峻的生存挑战。

实验室里生长的细菌，很少遇到自然界里的诸般困苦。富含营养的培养基，设定为最适温度的培养箱，以及沐浴在细菌喜欢的气体中的培养瓶……与土壤或者水中的细菌相比，实验室的细菌可以说是过着奢华的生活。实验室里，细菌比在自然环境下生长得更大、更迅速。
现实世界里的细菌，会遭遇营养短缺、黏附位置不佳、有毒化学物质等状况，还有捕食者。不过多能性伴随多样性而来，细菌发展出了多种策略，确保它们能在恶劣环境中存活。

自然环境下，细菌要不断地和原生动物、藻类、植物、昆虫及蠕虫竞争土壤或者天然水体中的营养物质。和这些真核生物不一样，细菌会进入休眠状态，构建内生孢子，或者选择一种替代代谢途径来安然度过恶劣的环境。当营养物稀缺时，细菌就会维持最小的细胞尺寸；在实验室里能长到直径三四微米的细胞，到自然界里可能只有1-2微米。缩小身形减少了细胞的营养需求量，增加了表面上避难所的数目，同时可以帮助细菌通过空气传播迁移到更好的生存环境。小尺寸也加速繁殖，这样一来，某种程度上，菌种通过大量繁殖后代让菌种存续，生生不息。

单个的细菌细胞能在恶劣的环境状况下存活，只要一有可能，还会再重新加入一个群落。部分菌落构建，涉及到表面黏附的能力。病原菌和非致病菌都要依靠黏附，这是它们生存机制的一个重要部分。和病原菌一样，环境细菌利用被称为菌毛的微小附属物，来黏附住石头、土壤颗粒、树叶或者腐解物这类东西。要是表面上没有适合粘连的地方，细菌就靠电荷帮忙，来完成粘连。

细菌的外部带少量负电荷，这是由它们的蛋白质中的碳和磷，以及细胞壁酸性部分的化学结构决定的。在大多数细菌所生存的水性环境中，带负电荷的细胞会吸引带正电荷的分子。因此，负电性的细胞就能裹着正电外套在环境里散播。岩石和土壤中的矿物质也带有正电荷。自然界中的有机物和细菌一样携带负电荷，同样也会吸引正电颗粒，最后各自都穿上了正电外套。所以细菌就没机会勃在有机物表面了，因为正电一正电相斥。但是物质在纳米级的特征表现，和它们在肉眼可见的尺度或者在以微米衡量的显微镜可见的尺度下，是不一样的。

一定的纳米（nm）距离下，正电一正电排斥作用，让细菌没法勃附住带正电荷的物体。以卵石为例，在距离它的表面约有10nm的时候，细菌会探测到表面上一种微弱的电荷吸引，但是如果细胞再靠近卵石一点，斥力就增强了。斥力的变化，是因为在距离表面10nm到2nm之间处有其他的化学力存在。如果细胞能设法到达距离卵石不足lnm处，引力就取得了最后的胜利，细胞就能黏附上去。

细菌不仅得战胜出现于10nm到2nm之间的竞争性的化学力，它们还必须找到一个尚未被其他细胞占据、能远离分泌抗生素的微生物，并且能提供营养、光线和空气的地方安家落户。

避开天然抗生素的作用，得采用其他招数。如今所用的绝大多数天然抗生素，都来源于土壤微生物。土壤微生物必须既能抵抗环境里自然产生的抗生素，又能抵抗来自居民区污水里的合成抗生素。含氯污染物、有毒金属（比如说汞、镉、银和铜），还有放射性化学物质也对细菌带来危害，除了少数对这些物质有所适应的菌种。随着土壤中污染物总量的增加，菌种的数目和多样性都会降低。实际上，适应，乃是细菌最强大的生存机制。因为细菌繁殖速率很快，就能够比其他任何生物都更有效地在基因水平上保留像抗生素耐药性这样至为关键的适应机制。

在克服饥饿、无地可居，还有毒性物质之后，细菌还必须应付天敌的捕食。原生动物像在瘤胃里面一样地在自然界里的水体环境中漫游，吞食并消化细菌。每次细胞分裂，一个原生动物细胞可吞掉一千到一万个细菌。为了避免灭绝，细菌最好的防御措施就是保证其繁殖速率快于原生动物。细菌的大小千差万别，这也有助于防御。较大的原生动物（长度100-1000μm）捕食较大的细菌，把大部分小的细菌留给小的原生动物了（长度5-100μm)。在自然界的许多其他区域，相似类型的生物会区分开它们的目标猎物。狼捕食麋鹿，把长耳大野兔这样较小的猎物留给了郊狼。猎物和捕食者的分层，确保了生物多样性的延续。在微生物的世界里，原生动物的体积大概是被食菌大小的10倍。然而，在十分罕见的情形下，原生动物也会设法攫取比它们自己体形还大的食物，这会带来致命的后果。

自然界里，某些细菌捕食其他细菌，它们各有妙招。蛭弧菌（Bdellovibrio)的栖居范围很广，从土壤，到淡水，到咸水，还有污水都可以生存。这种革兰氏阴性菌捕食其他革兰氏阴性菌，它们赫附到猎物的细胞上，分泌出酶，酶在细胞壁上钻出孔。然后这捕食者就挤进猎物细胞壁和膜之间的空隙。猎物的细胞死亡，但蛭弧菌还在，藏身在猎物细胞里像穿了个外套，多多少少抵挡了新的捕食者。

被贴切地命名为吸噬球菌（Vampirococcus）的细菌，黏附其所要捕食的细菌，但并不会穿透猎物细胞。其分泌的酶能部分降解猎物细胞。它们偏好捕食进行光合作用的菌种。吸干了猎物细菌全部的细胞质之后，吸噬球菌就丢下空空的细胞壁，扬长而去。

黏细菌（Myxobacteria）也有自己独特的捕食方式。几十个到几百个能动的黏细菌细胞形成“狼群”(wolfpacks)，在土壤里穿行，寻找猎物。瘦长的杆一样的细胞并排在一起，与几个略微有点出列、打前阵的领头细胞平行。黏细菌的阵列优雅地游弋于水中，找寻食物。一个地方的细菌全被吃掉之后，黏细菌细胞聚集成庞大的蘑菇状结构，称为子实体，可长到75毫米高。这个子实体，在细菌世界里独一无二，它含有色素分子，能把菌落染成红、橙、黄或者棕色。土壤表面之上，子实体的柄（stalk）托举起细胞囊。刮风下雨能把黏细菌解放出来，带它们去到新的地方。要是新据点的环境还不错，黏细菌就又会开始一个新的生命周期。子实体容易在腐烂的有机体上定居，特别是在山毛样和一些老树上。

微生物世界里，捕食扮演了什么样的角色，微生物生态学家还不是很确定。无疑，营养短缺的地方，捕食对捕食菌有好处。猎物菌完成了吸收富集营养的工作，然后捕食者吞下了这整桌大餐。有的捕食者捕捉细菌，但却不消化它们。以白蚁的消化道为例，细菌待在原生动物体内，原生动物在白蚁体内，细菌消化白蚁吞下的木头纤维。

细菌的多能性受益于它的3个特征。首先，细菌菌群成员数目庞大，产生具有一个或多个新有利性状的突变株的机会也随之增加了。其次，繁殖一代所需时间很短，这有利于使新性状成为菌种基因组成的一部分。第三，由于细菌结构紧凑，于是它们自身的酶类，就具有了多种功能。比如说，降解自然界里普通有机化合物的酶，也可以分解污染物。生物修复的原则就是，使用那些即使存在其他可用食物，也优先分解污染物的细菌。

可以预期，数目众多，营养需求、能量生成、适应性能都不同的生物，可以形成一个多姿多彩的种群，就如同我们在微生物当中所看到的。微生物的多样性使其他生命形态相形见细，微生物生态学家认为，在环绕地球赤道及赤道附近的地带里，生物多样性是最丰富的。在赤道热带，植物和动物这样的高等生物的多样性，超过了地球上其他地区。赤道光照充足，可以使光合细菌数量增多，光合细菌是陆地上和水中食物链的源头。由于热带地区整体上生物多样性较高，这个地区的生态环境就颇为稳定。这让不计其数特殊的小种群得以生存。相应地，多样化的种群，为细菌建立共生关系提供了更多的选择。最后，与具有季节变化的温带地区相比，热带地区气候稳定，这给细菌提供了更好的进化和发展有效适应机制的机会。

微生物生态学向微生物学家提出了挑战，因为实验室里研究的细菌不一定是最丰富的。这是因为VBNC，意思是能够存活但不能培养（viablebutnotculturable）。克雷格•文特尔（CraigVenter）对海洋微生物的基因分析，证实了生物学家一直以来的猜测，微生物的多样性远远高于人们估测的最高水平。VBNC细菌不能在实验室环境里生长，微生物学家也还没有发现这些菌种生长所需的条件。结果是，微生物学的绝大部分理论，肯定是以地球上细菌的一小部分在实验室里的行为表现为基础的。基因检测，例如文特尔的检测，将有助于解决这个问题，因为实验研究不再需要以完整细菌细胞作为焦点。通过分析基因多样性，微生物学家将会对微生物的多样性了解更多。