查士丁尼一世是6世纪拜占庭的统治者。在当政期间，他致力于传播拜占庭式的建筑，从君士坦丁堡开始，沿着地中海的边缘，上到尼罗河地区，深入欧洲腹地，处处可见拜占庭文化的影响。为了舰队顺利出航，查士丁尼兴建大量谷仓，遍布君士坦丁堡的郊区。谷物供养着他的船队，同时也喂饱了数量激增的老鼠。

公元540年，查士丁尼成功地扩展了君士坦丁堡的影响力。但是，每当军队到一座新港口，当地居民都会恶心想吐，然后会打寒颤、发热，还伴随头痛。有的人在舰队来之后，仅仅两天就疾病发作。他们会出现腹胀、腹痛，然后是血性腹泻；他们的淋巴结里满是坏死的组织，并且在第一次不适之后的6天内，许多人就死了。死者皮肤上覆满暗紫色的病痕。君士坦丁堡也出现同样的状况，那里的死亡人数增加到每天一万人。许多初次出现疾病症状的人，吓得惊慌失措，逃往乡间。没几天，那些乡下地方也开始死人。

查士丁尼对这样的惨剧视而不见，不止一次有人想要行刺他，他也视而不见。他为完成自己的梦想榨干了国库，面对逐渐减少的劳动力，可能还怂恿新人去当水手。到公元590年，查士丁尼瘟疫终于结束，它已杀死帝国60％的人口，或者说一亿人。查士丁尼自己躲过了这场瘟疫，在38岁的时候自然死亡。

是否因为某种因素的突然出现，导致历史上第一场有记录的鼠疫？那时候的啮齿类和现在一样，肠道都携带有鼠疫菌（学名为鼠疫耶尔森菌）。这种细菌可以感染动物的毛皮或者皮肤。跳蚤每次叮咬的时候，都会摄入鼠疫菌，而它们又如此贪食以至于消化道里充满细菌。为维持生存，跳蚤必须让一些细菌回流入口中。而当跳蚤叮咬未被感染的啮齿类动物时，它就传播了鼠疫菌，并为鼠疫提供了一座不断膨胀的病原储藏库。恶劣的卫生状况，让君士坦丁堡这样的大城市繁殖出大量的老鼠，这又增加了老鼠被跳蚤叮咬的几率。查士丁尼修建大量粮仓，进一步推动了瘟疫的蔓延，毫无疑问，庞大的鼠群充当了疾病的病原库。

在查士丁尼统治之后的700年里，鼠疫神秘地消失了。随着最后残留的一点罗马遗风的消退，疾病的控制水平也在下降，并且矛盾百出。一些人相信，在家里保留垃圾甚至是动物的尸体，可以抗击邪魔，因此也能抵抗疾病；而另一些人则认为，是坏的味道带来疾患一一起居室里的尸体肯定非常难闻。在中世纪的初期，哪怕已经开始设立中心医院，但医学领域依然是用水蛙去除身体疼痛的治疗师的天下。错误的接生方法，造成精神疾病高发，而这又对良好的个人卫生形成威胁。

14世纪初，有4种瘟疫在很大程度上可以毁灭欧洲，其中最厉害的是黑死病，它得名于皮下血管出血形成的黑紫色病痕。在1346年至1352年之间，黑死病杀死了欧洲2500万人口，大概占欧洲总人口的三分之一。另外，瘟疫在欧洲爆发之前，黑死病在13世纪沿着贸易之路，从亚洲传播到北非和克里米亚半岛，其在全球范围内总共杀死了两亿人。

和查士丁尼时代一样，幸存者埋葬死者的速度总是不够迅速。幸存者用长杆抬着尸体—“我要是没有10英尺的杆子，我不会碰尸体”—到城外的巨大坟墓。这肆虐的流行病，只有在到达阿尔卑斯地区的时候，传播的速度才慢了下来。那里的天气更为寒冷，挡住了老鼠，而病原菌也很可能变异成了毒性更小的菌株。

在不到十年的时间里，这场流行病夺去了一亿条性命，让欧洲人口减少了三分之一。如同瘟疫蔓延一样，黑死病又波及社会生活的各个层面，影响了一代又一代人。艺术和音乐甚至也反映着隐隐逼近的死亡，死亡也常常战胜肉体凡胎（参见图2-2）。有的城市失去了75％的孩子，整个家族就剩下孤零零的一个人—瘟疫造成了无父无母的一代。工匠、艺术家、农民和神职人员都消失不见了。经济活力骤减，导致出生率下降。

在瘟疫流行期间，教士坚持他们数世纪来的看法，认为疾病是来自神的惩罚。他们把信仰和魔法结合起来去应对死亡，这样做毫无效果，并让教会失去了其在社会上原有的特权地位。不过，基于两种原因，银行业得到发展。瘟疫的幸存者认识到，有必要保护好留给下一代的财产，特别是当死亡碎不及防地袭来之时。同时，农奴放弃了封建领主控制的耕地，为了货币工资来到城市填补劳力短缺。与此相应，这也促进了一个足迹遍布欧洲的流动劳力大军的产生，他们在劳力缺乏的市镇上寻找最高的薪水。青年人留了下来，他们成为唯一的当家人，掌管家中的财产，不再选择到传统意义上的中心城市去学习，诸如巴黎、维也纳、博洛尼亚。因此，到14世纪，牛津、剑桥、爱丁堡、阿姆斯特丹、哥本哈根、斯德哥尔摩发展成为新的教育中心。欧洲大陆的人口减少，也为文明的发展开辟了新的空间，并奠定了今日欧洲各工业中心的基础。

在瘟疫流行期间，人们认为外科医生和教士一样都很没用。外科医生的地位下降，一直到19世纪中期，约瑟夫•李斯特提出医院需要无菌环境的时候，外科医生的地位才有所回升。理发师脱颖而出，他们成为更值得信赖的医学执业者，尽管他们喜欢放血，把放血当成是万能疗法。不过，西方医学被认为正是从这里起步。医学院得到发展，医学生第一次学到了解剖学和生理学。于是，医学团体开始去学习感染性疾病对内脏器官都有什么样的影响。

历史上的每一场瘟疫，幸存者都学会更好的预防感染的方法。鼠疫不是接触性传染的疾病，但是街上满是死人和濒死之人。毫无疑问，这是在宣告任何人都可能是受害者。瘟疫的幸存者小心地移开那些尸体，带到乡下去火葬。在整个中世纪，火葬都是最为常见的处置尸体的方法，不过偶尔人们也会用更富有想象力的方法。

在1344年至1347年之间，鞑靼人三番五次围攻港口城市卡法（现在乌克兰的费奥多西亚），这里会聚了不同的民族与政治信仰。瘟疫已经践踏了鞑靼人的东亚老家，哪怕在他们围城的时候，死人也是越来越多。随着尸体数目的增多，鞑靼人简单权宜之下，用弹射器把尸体射过卡法的城墙，丢弃他们亡故的战友。卡法的健康居民收集尸体埋葬的时候便被感染了。故而，细菌和人类之间，逐步发展出错综复杂的联系：疾病、营养、恶魔和上帝。