蛋白激酶与磷酸酶之间维持着一种平衡，这种平衡在细胞的信号转导中起着关键的作用。一旦平衡失调，正常的信号转导就会被破坏，从而导致疾病的发生。对PTK和PTP来说，它们在细胞中的浓度相似，但PTP的活性通常要比PTK高2-3个数量级，这使得细胞内酪氨酸磷酸化水平一般较低，磷酸化反应多历时较短。为了保证PTK与PTP之间的平衡，使信号转导正常进行，PTP的作用受到严格的控制，主要包括其亚细胞分布的调节和活性的修饰。

在蛋白激酶与磷酸酶之间还存在着相互调节：

①磷酸酶作为激酶的底物被磷酸化，从而改变磷酸酶的活性；

② P'FP被激酶磷酸化后产生其他信息分子的SH2识别的位点，将PTP引导到特异性底物上，如果这些底物上有磷酸化的酪氨酸残基就会发生去磷酸作用；

③ PTP磷酸化后与其他含SH2的蛋白结合可以激活信息传递的下游通路；

.P'FP也能调节PTK，如双重特异性的磷酸酶能使作为PSTK的Cdc2和MAPK去磷酸化，从而调节这些酶的活性，导致信号转导的启动、进行或终止。PTP对PTK的调节随不同的信号转导通路而不同，既可有负调节作用，也可有正调节作用，机制非常复杂。