泵垫圈的常见故障是渗漏和垫圈碎片污染系统。垫圈使用时间长了随时都可能出现故障。另外，密封垫圈的材料抗不住溶剂的侵蚀，也会严重污染系统。

垫圈与运动着的柱塞杆紧密接触，是液相色谱中最易磨损的部件。缓冲盐或其它含盐的流动相更加快了垫圈的磨损。垫圈磨损是不可避免的，但采取有效的保护措施是可以延长它的使用寿命。

垫圈损坏的表现是：

1）在高压下压力不稳定

2）从泵头渗漏流动相。

总的反映在保留时间的改变。一只渗漏的垫圈就像一只压力调节阀，到了一定的高压限就上不去了，部分就开始渗漏。一旦发现渗漏，就马上进行更换。

多数垫圈与流动相是协调的。有些厂商为延长垫圈在水性流动相中的使用寿命，而制作垫圈的材料能溶与某些溶剂中，出现了溶剂与垫圈的不协调性。例如有些垫圈仅使用于水、甲醇和乙氰，在四氢喃中溶解。为了防止垫圈溶解，可以将垫圈置于相关的溶剂中浸泡一夜，检查其颜色有无变化，有无发粘、变软；同时用紫外分光光度计扫描浸泡液，有无出现新的紫外吸收。如果出现上述现象，则停止使用这种垫圈。