17世纪末叶到18世纪初叶荷兰物理学家惠更斯为显微镜的展开做出了接触的贡献。当前商场出售的惠更斯目镜便是现代多种目镜的原型。这时的光学显微镜已初具现代显微镜的底子规划。

19世纪末德国教授阿贝奠定了光学显微镜的成像原理。从此能够制造和运用油沁系物镜使光学显微镜的分辩身手已达到最高极限。
由于查询方法的行进，在动物安排，植物安排和细菌学等领域里出现了许多严峻的展开。结束致使被恩格斯称为19世纪最无穷的三大发现之一的细胞学说被德国教授施旺和施莱登所奠定。这便是说，推进医学，生物学进入新的细胞水平的基础学科-细胞学的最底子方法便是这种光学显微镜。

20世纪中叶制造的以短波长，高能量的光线做光源的荧光显微镜和紫外光显微镜的底子安排仍是传统显微镜。只是由于光源的波长的缩短而提高了显微镜的分辩身手。沿着这个方向的革命性展开应算电子显微镜的出现。其实电子显微镜的底子规划原理仍与光学显微镜相同。只是他的光源是高能电子束，然后聚光镜和透镜是健壮的电磁感应圈。

早年人类的视力借助于光学显微镜能分辩相距万分之三毫米((3X10'mm)的两个质点的话，那么运用电子显微镜已能分辩出相距一千万分之一毫米((1X1。一’mm)的两个质点。如果说19世纪20年代我们已清楚地查询过动植物细胞的微细规划，已供认细胞里面的核、核仁、线粒体、高尔基器、中心体、吞噬泡等细胞小器官和细胞里的各种容纳体、色素颗粒及寄生物的话，那么20世纪50年代现已能辨认组成这些小器官的各类膜系统，甚至能辨认组成膜系统的分子层次及酶蛋白质亚基规划了。总之能辨认亚细胞规划甚至能够说超微规划。

显微镜规划的展开同日益展开的处置细胞规划的固定剂、染色技术互相补偿着，给予现代医学、生物学拓荒着日益广大的展开远景。格外核酸和蛋白质的化学分析技术的展开协作显徽镜技术的展开，将人类视力已引向分子生物学、分子细胞学、分子免疫学和分子遗传学的领域里了。

电子显微镜已被分子生物学家当作一种强有力的研讨方法而广泛运用。可是电子显微镜只适用于细胞死后的形态学查询。活细胞的增殖、分化、细胞的能量代谢、细胞游走运动、吞噬活动等动态查询，仍需抢先的染色技术和光学显微镜技术。