作为毛细管电泳分离的核心部件，柱系统的研制始终是关注的重点，具体工作大体分为三类：一是柱壁涂渍或改性；二是缓冲液和添加剂的选择；三是筛分，包括交联的凝胶筛分和采用线性聚合物而不交联的无胶筛分。

已经证明，极性的特别是带羟基的聚合物，比如聚乙烯醇、聚乙烯乙酸酯、羟乙烯基纤维素等都非常适合于在弹性石英毛细管壁形成一个薄层。薄层的形成有两种办法，一是用动态涂渍法，二是固载法。用聚乙烯醇改性的管壁能几乎完全抑制电渗，防止高极性的特别是碱性蛋白质的吸咐，从而改善这一类蛋白质或者对映体的分离，用带羟基的特别是可电离的碱性聚合物改性，可以使电渗流减少，甚至倒向，适合于小的阴离子的快速选择性分离。固载化的改性处理则可用于分离寡核苷酸。

类似于液相色谱中对冲洗剂成分的研究，在毛细管电泳中改变缓冲液的成分，将在很大程度上影响分离，甚至从根本上改变分离机理。例如，就其本质来说，MECC就是在缓冲液中加上一种阴离子(或阳离子)表面活性剂，使被分离物质和它们之间产生一种相互作用，引入分配机制，造成类似于色谱的分离，从而把电泳的应用领域扩大到中性分子。关于MECC的工作仍在深入开展，并已开始引入色谱中热力学研究的思路。操作模式中采用的其他添加剂，还有十六烷烃、二氨基链烷烃和一些多环化合物。除此之外,还可选用有机溶剂或其他非水溶剂代替水作为缓冲液，构成一个新的柱系统。

柱系统中另一个引人注目的问题是筛分分离，这种分离从平板凝胶电泳衍生而来，但是在50µm左有内径的管子里，这种情况比较复杂。问题的焦点在于系统中的聚合物是经过交联的凝胶，还是由线性聚合物分子绕在一起作为溶质形成的溶液。前已提及毛细管凝胶电泳和无胶筛分电泳，前者有极高的分辨率，但是柱制备困难，特别是在运行过程中还会有空泡，使电流急剧减小，柱寿命降低。因此，作为常规分析的手段仍有一定困难。后者没有前者那么高的分辨率，因制备方便，除了分离核酸外，还可作蛋白质的筛分手段。关键在于使其达到和凝胶电泳接近的柱效和更高的重复性。

展望

CE技术由于其分离效率高、快速、检测手法多、应用面广，已在药物分析中占有重要地位。但应用过程从总体来说还处于发展阶段，目前HPLC法仍然是药物分析的主要手段，CE研究的对象与HPLC有许多重复之处，也可以理解成是一种新旧分析方法的半取代过程，CE可以与传统分析方法取长补短，配合使用，相互验证。如何与其他技术更好地联合使用，达到更佳效果，仍是CE研究的新课题、新方向。