水环境中存在的大量水生生物与水体共同组成了水生态系统。各种水生生物之间，以及它们与赖以生存的水环境之间，处于相互依存、相互制约的密切关系。当水体受到污染时，各种水生生物会对此产生不同的反直．根据水体中水生生物的种群数量和个体数量的变化来判定水体污染的类型和程度，是水质监测方法的生物学依据。水质污染的生物监测方法主要有生物群落法、叶绿素a测定法、细菌学检测法等。目前，ISO生物方面的水质监测和检测标准共有49项，占全部水质分析方法的28．6％，而我国仅有4项，占3．3％。
        群落(community)是指在一定时间内，居住在一定区域或生境内的各种生物种群相互联系、相互影响的有规律的一种结构单元。污染物可导致群落组成和结构的改变，包括优势种变化、生物量、丰度、种的多样性等。
        所谓水污染指示生物是指对水体中的污染物产生各种定性、定量反应的生物，如浮游生物、着生生物、底栖动物、鱼类和微生物等。它们对水环境质量的变化特别是化学污染物反应敏感或有较高耐受性。
        浮游生物是指悬浮在水体中．过着随波逐流生活的微型水生生物，包括浮游植物和浮游动物。浮游植物以单细胞、群体或丝状体的形式出现．主要是藻类。淡水浮游动物主要包括原生动物、轮虫、枝角类和桡足类；海水中浮游动物的种类要比淡水中多。由于浮游生物具有不稳定性且常常集群分布．因而作为水质指示生物的可靠性和准确性还需系统、深入地研究。
        着生生物(即周丛生物)是指附着于长期浸没水中的各种基质(植物、动物、石头等)表面上的有机体群落。如细菌、真菌、藻类、原生动物、轮虫、甲壳动物、线虫、鞭毛虫类、软体动物、昆虫幼虫，甚至鱼卵和幼鱼等。着生生物对河流水质评价效果较佳。
        底栖动物是栖息在水体底部淤泥内、石块或砾石表面及其间隙中，以及附着在水生植物之间的肉眼可见的水生无脊椎动物，亦称为底栖大型无脊椎动物。包括水生昆虫、大型甲壳类、软体动物、环节动物、圆形动物、扁形动物等。底栖动物的移动能力差，故在正常环境下较稳定的水体中，种类较多，群落结构稳定。当水体受到污染后，其群落结构便发生变化。应用底栖动物对污染水体进行监测和评价已被各国广泛应用。
        在水生食物链中，鱼类代表最高营养水平。凡能改变浮游和大型无脊椎动物生态平衡的水质凶素，也能改变鱼类种群。某些污染物对低等生物可能不引起明显变化，但鱼类却可能受到影响。
        水体严重污染的指示生物有颤蚓类、细长摇蚊幼虫、毛蠓、纤毛虫、绿色裸藻、小颤藻等，能在溶解氧较低的条件下生活。其中颤蚓类是有机物污染十分严重水体优势种。颤蚓数量愈多，表示水体污染愈严重。
        水体中等污染的指示生物有居栉水虱、瓶螺、轮虫、被甲栅藻、四角盘星藻、环绿藻、脆弱刚毛藻、蜂巢席藻等，它们对低溶解氧有较好的耐受能力，常在中度有机物污染的水体中大量出现。
        清洁水体指示生物有蚊石蚕、扁蜉、蜻蜒幼虫、田螺、浮游甲壳动物、簇生枝竹藻等，只能在溶解氧很高、未受污染水体中大量繁殖。

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