水中细菌总数与水体受有机污染的程度相关，因此细菌总数常作为评价水体污染程度的一个重要指标，即细菌总数越大，水体受污染的程度越严重。

菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。细菌菌落总数是指水样在营养琼脂上有氧条件下37℃培养48h后，所得1mL水样所含菌落总数。我国现行生活饮用水卫生标准（GB5749)规定：饮用水中细菌总数每毫升不超过100个。

测定水中细菌总数的国家标准方法为平板菌落计数法。