氟离子为水环境监测的重要指标，在地表水和饮用水的水质监测项目中为必测项目。水环境中氟离子主要来源于有机化工、磷肥、钢铁、冶金等工厂的废水排放。

氟离子是人体内的一种营养性痕量元素，其与牙齿钙质生成低溶性氟化钙，可保护牙齿免受乳酸菌的侵蚀，而且人体内氟元素不足，易引发龋齿病。但是，人体吸收过量的氟后，会引起氟斑牙。在一般情况下，饮用含氟量0.5-1.5mg/L的水时，多数地区的氟斑牙患病率已高达45％以上，且中、重度患者明显增多。氟化物对人的致死量为6-12g，饮用水含2.4-5mg/L则可出现氟骨症，《生活饮用水卫生标准》(GB5749-2006）规定饮用水中氟离子含量小于1.0mg/L。工业检验方面，氟离子的检测在诸多行业中有着重要意义，如氟离子的存在对电镀工业中电镀槽中不溶性电极危害极大，当电镀液中氟离子浓度大于lmg/L时会造成电极中毒而失效；氟含量的测定在检验稀土产品纯度中起着重要的作用。还有核工业、冶金、矿产等方面都对F-的定量定性分析有严格的要求，甚至有的工业监控要求高达10-9级。

对氟离子的检验国家标准方法有离子色谱法。