(1) 所有的化学试剂必须是高纯度的，纯化后准备电泳的样品，应该一直戴手套操作，保持洁净的实验操作流程，包括凝胶的染色，条带的切除，蛋白酶消化，使角蛋白和灰尘污染降到最低。

(2）考马斯亮蓝染色太深时应该过夜脱色，考马斯亮蓝染色的条带包含有磺酸酯，它将产生SO3离子（m/z 80)，可能会影响分析结果，所以要彻底洗脱条带的染液。

(3) DTT和碘乙酰胺溶液可在4℃保存数天，碘乙酰胺溶液避光保存，比如可在管子外包裹箔纸等。

(4）质谱常用的消化酶是胰蛋白酶，它特异性的切割精氨酸或赖氨酸残基的C端，产生适合质谱分析的大小为500-3000Da肽段，并且裂解谱很好分析。如果所研究的蛋白序列需要的话，也可以用其他蛋白水解酶。改良的猪胰蛋白酶比较常用，这种酶的赖氨酸残基经过改良能够部分抑制自溶。

(5) HPLC分离时样品需要净化，然而，亲水性很强或者疏水性很强的多肽在分离后很难复原，在这种情况下，为了改变多肽的特性可以将蛋白水解消化。

(6）仪器的条件至关重要，包括分离电位、喷雾的位置、样品的流量比、气流、电压设置等。

（7）为了降低堵塞，LC/ES/MS之后，应立即连上充满甲醇的洗涤器冲洗。然后用高压气体吹干过量的洗液。